Spectrobes : Les Portes de la Galaxie sur DS raconte la suite des aventures des agents interstellaires Rallen et Jeena en introduisant de nouveaux environnements, de nouveaux monstres, plus d'options de combat et un mode en ligne qui permet de s'affronter entre joueurs. L'histoire tente de lever le voile sur l'apparition mystérieuse de portails qui mènent vers de lointaines dimensions.